Сделайте полную копию флешки (командой dd например). Фактически, образ. Далее работайте с ним и его копиями — во избежание.
Если распаковывается не весь архив, попробуйте полечить его лечилками архивов. Если не помогает — попробуйте найти потеряные цепочки/кластеры на диске, например, с помощью fsck. За одно проверьте основную копию fat и резервную.
