niko83

в mysql не дебажил но типа такого должно сработать

select place_id, count(*) from places_filter where filter_id IN ( 1, 100, 15 ,22) group by place_id HAVING count(*) = 4

( 4 - кол-во всех характеристик перечисленных в IN )
Если сработает, то повставляйте данных побольше и посомтрите на EXPLAIN и проверьте производительность. Проблема скорее всего будет если в filter_id IN попадутся две самые распростанённые характеристики (зависит от объёма данных)

Попробуйте подход как тут forums.mysql.com
(пример из страницы по ссылке)

set @addcoltext = concat('ALTER TABLE nick.mytable ADD COLUMN ',concat('day',dayofmonth(curdate() - interval 1 day)),' INTEGER UNSIGNED;');
prepare addcol from @addcoltext;
execute addcol;
deallocate prepare addcol; 

Можно попробовать сделать mysqldump --no-data для двух баз
и vimdiff db1.sql db2.sql

Мне понраивлась книга:
MySQL. Оптимизация производительности. 2-е изд.
Авторы: Шварц Б., Зайцев П., Ткаченко В., Заводны Дж., Ленц А., Бэллинг Д.

Для начала попробуйте на таблице похожих объёмов на локальной тачке добавить эти индексы.
И посмотреть будет ли что то как вы боитесь «то я боюсь что у меня сервер повиснет в процессе. „
Вполне возможно будет задержка лишь на 10 мин. Вы ж всётки индексы добавляете а не структура меняете.
О результатах напишите тут нам всем интересно.
Возможно чтоб индексы применились в один проход вначале нужно выключить для таблицы ALTER TABLE… DISABLE KEYS добавить в определение таблицы инжексы и заново перестроить индексы ALTER TABLE… ENABLE KEYS. Но это чисто догадка что так может сработать, на практике не проверял.

Если будите такое эксперементировать отпишитесь плиз о результатах.

Может у вас нейким образом образуется несколько потоков (процессов)? например скрипт срабатывает по крону раз в минуту, а сам скрипт выполняется больше одной минуты. или что-то ещё

MySQL умеет автоматом загружать CSV файлы в базу
LOAD DATA INFILE
dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/load-data.html
(на практике не использовал, проверьте раскажите)

а как на счёт LOAD DATA INFILE? — должно быть быстро

SELECT post_id, count(id) as count from post_tag where tag_id IN (27,28,29) GROUP BY post_id HAVING count = 3;

CREATE TABLE `users` (
`id` int(10) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT,
`name` varchar(25) NOT NULL DEFAULT '',
`pass` varchar(32) NOT NULL DEFAULT '',
`mail` varchar(50) NOT NULL DEFAULT '',
`invite` tinyint(1) NOT NULL DEFAULT 0,
`created` TIMESTAMP DEFAULT '0000-00-00 00:00:00' NOT NULL,
`updated` TIMESTAMP NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP ON UPDATE CURRENT_TIMESTAMP,
PRIMARY KEY (`id`)
) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=utf8;

проверь установлены ли индексы для столбцов.

Для анализа выполнения запроса есть EXPLAIN пишешь explain далее тело запроса. Читаешь мануал и анализируй результат функции