Вы все правильно прописали в манифесте?
...
"display_override": ["standalone", "minimal-ui"],
"display": "standalone",
...
Еще нужно заполнить scope и start_url, тогда операционная система, при клике на url прописанный в scope, должна предложить варианты открытия ссылки - либо вашим приложением, либо браузером.
P.S. для предложения установить приложение я использовал
это