nikitasius

вариант силами БД:
табличка товаров (самодельная) и три триггера (по числу магазинов) на insert и три на update.
Тогда при вставке или правке данных в ней mysql автоматом выполнит операции, описанные в триггерах.
Про phpmyadmin зря вы там, его как раз таки и удобно использовать для наполнения той "альфа таблицы", как и для создания триггеров.

Вероятно кто-то нагуглит этот вопрос, поэтому решение friendly адресов для nginx кроется всего в нескольких location для nginx + php-fpm.
1) определяет пути для статики

location ~ \.(jpg|jpeg|gif|ico|png|svg|js|css|mp3|ogg|mpe?g|avi|zip|gz|bz2?|rar|doc|docx|xls)$ {
	root /path/to/site;
}

2) закрываем доступ для .htaccess

location ~ ^/(\.htaccess)$ {
	return 404;
}

3) непосредственно сам rewrite для джумлы

location @friendlyurls {
	rewrite ^/(.*)$  /index.php/$1 last;
}

тогда при запросе "/about-us" nginx реврайтнит сие в "/index.php/about-us".

4) далее для корня сайта

location / {
	try_files $uri $uri/ @friendlyurls;		
прочие параметры для php-fpm
}

5) для php файлов

location ~* \w+\.php$ {			
	try_files $uri $uri/ /index.php?$args;						
прочие параметры для php-fpm
}

Итого у нас работают и friendly ссылки и прямые ссылки на php файлы.

Если там не php-fpm, а apache за nginx, то 3й location не нужен, а реврайт можно обыграть в настройках proxy_pass в location /.

Если же у вас чистый apache, и ссылки не работают, то проверьте дистрибутив joomla и скачайте правильный .htaccess.

3 года назад настраивал русский сайт на magento. Аналог китайских братьев (http://www.bigboxsave.com/ и вся их база), только русский.
Движок достаточно тяжелый, но для большого магазина работал (~12к товаров).