В вашем случае index.php.jpg обманывает сервер и запрос идет на динамику (anyname.php*).
Так же если в запросе есть index.php без параметров, но сервером выдается сам файл php.
Касаемо конфига: в location ~ ^.*\.php {nginx коннектится на апач, как прокси}
root /path/to/your/static/files/ — тут указан путь на папку где лежит и статика и динамика. Они должны быть вместе (как пользователь из по ftp на сервер закачал).
/link2/link3
и/link2/link3/