Для большинства приложений модулей будет достаточно. Важно понимать, что css-in-js решает не только задачу разрешения уникальности имён селекторов. Я считаю, что некоторые задачи он решает гораздо лучше:
- Создание цветовых тем
- Создание API для библиотеки компонентов (вроде Material UI)
- Выгрузка критических стилей для SSR, или пререндеринга
- Создание динамических стилей и манипулирование CSSOM
Касательно времени на инициализацию и создание стилей: да, css-in-js требует небольших временных затрат, но на практике это не та вещь, которая поголовно становится узким местом. Гораздо чаще встречаются сайты, загружающие несколько шрифтов, и тянущие огромный не разделенный бандл, что становится проблемой для UX. Этому стоит уделить больше внимания, чем инициализации css-in-js.