nidalee

Без конвертации - так:

ffmpeg -i file.avi -i file.aac -vcodec copy -acodec copy file.mkv

Это при условии, что в avi нет дорожки аудио. Если она есть, то нужно будет еще добавить -map.

MKV достаточно универсален. Поэтому люди, которые делают рипы, не заморачиваются, не создают себе проблем, и делают рипы в MKV.
Почему не MP4? В основном потому, что контейнер MKV поддерживает все хоть сколько-нибудь популярные кодеки (H.264, H.265, QuickTime...). MP4 - нет. Хотя в данном случае это касается в основном кодеков звука. Потому что вариантов кодирования звука очень много.
Почему не AVI? Он слишком старый и простой. В него нельзя поместить часть нужной информации, плееры иногда должны угадывать параметры сами. Как написали выше, например, это размер пикселя. Хоть я и сомневаюсь, что кто-то из авторов рипов в наше время заморачивается с размерами пикселя, с AVI такого не провернешь. Он популярен, например, в архивах и библиотеках - где нужен максимально простой, не вызывающий никаких проблем контейнер. Кстати, я бы не назвал его популярным, его популярность осталась в начале нулевых. Сейчас у нас в основном MP4, потом примерно поровну MOV и MKV.

В общем и целом MKV используют потому, что это привычно и удобно. А вам, как качающему, должны быть в принципе все равно.

У вас фильм размером 2.7 гигабайт в контейнере mkv. Видео в контейнере, особенно mkv, может быть сжато чуть ли не десятком способов, но главное здесь не это, а то, что для двухчасового фильма 2.7 гигабайт даже мало. Меньше по объему уже идут рипы 720р с сильным сжатием - для телефонов. Может быть вам проще найти их уже сжатыми в таком виде.
Вам сжимать файлы придется долго, каким-нибудь HEVC с fine tuning, на кодирование которого у вас уйдет больше 10 часов для 2-ух часового фильма, и это без учета времени на эксперименты и определение оптимальных настроек, плюс не факт, что телефон такое потянет. В любом случае, я думаю, что вы пытаетесь сделать уже сделанную кем-то работу - просто поищите рипы небольших размеров и выберите тот, качество в котором вас устраивает.