nictur1817

Если есть вероятность, что ключа stocks не будет на месте, то не забудьте добавить соответствующую проверку.
Аналогично с type

foreach ($items as $itemIndex=>$item) {
    foreach($item['stocks'] as $stockIndex=>$stock) {
        if ($stock['type'] === "fbo") {
            unset($items[$itemIndex]['stocks'][$stockIndex]);
            $items[$itemIndex]['stocks'] = array_values($items[$itemIndex]['stocks']);
        }
    }
}