Все заработало, когда я выполнил просто make, а не make -j9. Для компиляции используется компилятор cl.exe, видимо из-за этого и не получалось, хотя очень странно, что никаких ошибок не выводилось. Компиляция завершилась успешно, несмотря на то, что в config.log та ошибка не исчезла.