Нужно смотреть в hex-редакторе файл, который вы собираетесь отправить на хостинг, и посмотреть этот файл, скачав с хостинга обратно.
Потом посмотреть, не изменяется ли файл с другим расширением.
Потом проделать все тоже самое в другом браузере.
Если проблема сохраняется, то написать в тех. поддержку хостинга, что при аплоадинге модифицируется файл.
