Если я вас правильно понял то вам нужно много подключений к разным базам данных, для этого есть Multiple Entity Managers
doc
https://symfony.com/doc/current/doctrine/multiple_...
Так же вы в консоли можете указать куда заливать базу данных:
bin/console doctrine:database:create --em='ваше_название_подключения'
и оно зальет базу по этому подключению.
Ну или посмотрите в хелпере как там указать название для connection
bin/console doctrine:database:create --help
Вам только остается по роуту определить какое подключение(connection) использовать. Это можно сделать например в event ну или как то еще, зависит от ващей логики.