В общем, видимо, буду собирать всё в один файл.
Не вижу особого смысла в использовании gulp и ему подобных, когда как в Visual Studio можно в файле tsdconfig.json задать параметр outFile.
Отсюда, включение/отключение модулей будет внутри app.js, без правки index.html и других файлов.