Установщик atom не предлагает пути установки.
Бывает случаи когда после установки программа не появляется в меню пуск.
В качестве альтернативы Вы можете скачать zip файл последний версии atom с github и распаковать его в удобном месте:
https://github.com/atom/atom/releases
В распакованной папке Atom находите Atom.exe и запускаете его.
