Судя по всему тебе надо реагировать на :hover родительского элемента, потому-что элемент .flip при вращении изменяет свой так сказать хитбокс, по которому засчитывается :hover.
То есть тебе в твоём пене нужно поменять селектор .flip:hover на .wrap:hover > .flip и тогда у тебя всё будет работать без мерцаний.
P.S. на HTML5Book в примере, кстати, так как я говорю и сделано.
Как мне известно, сейчас 2 самых мощных кроссплатформенных инструмента, это Sympli и Avocode, но при этом, почему-то Zeplin самый популярный. Ну а ещё есть скетч, но он только для Mac, да и psd не поддерживает. А вообще использование psd при вёрстке это уже почти муветон, ибо как инструмент фотошоп предназначен для рисования, а не для получения информации из макета.
