utf8_unicode_ci это не кодировка, а таблица сопоставление символов (используется для сравнения строк > < = и т.п.)
когда вы подключаетесь к серверу MySQL вы можете установить ту кодировку в которой хотите общаться с сервером, doctrine это делает сама (utf-8 по умолчанию). а phpmyadmin нет
можно установить кодировку по умолчанию для клиентских соединений в конфиге mysql:
# CLIENT SECTION
[mysql]
default-character-set=utf8
# SERVER SECTION
[mysqld]
default-character-set=utf8