Ваш "медленный" скрипт блокирует сессию и не дает прочитать из нее прогресс. Нужно либо постоянно открывать/закрывать сессию, либо хранить данные где-то еще.
Session data is usually stored after your script terminated without the need to call session_write_close(), but as session data is locked to prevent concurrent writes only one script may operate on a session at any time.