Самое правильное в данной ситуации купить шаблон, который вас заинтересовал, и посмотреть код. Я работаю с шаблонами WORDPRESS очень много лет и каждый автор по своему реализует задачи. Но первичная структура файлов единая, каждый вписывает свои части, плагины. Посмотрите структуру файлов. Код открытый.
