Вариант с sshfs, как показывает практика, самый удобный - править файлы прямо на VPS, подмонтировав её в систему, чтобы весь софт работал с ней как с локальными файлами. Единственный минус - очень долгий поиск перебором по всем файлам.
А дальше уже можно сливать с VPS изменения любыми удобными способами - хоть дропбокс, хоть rsync, хоть dvcs.
