Какие проблемы? Суть системы контроля версий как раз в том, чтобы избежать таких проблем.
Если функции в разных файлах — фообще никаких проблем, если в одном, и даже пересекаются — вам должна помочь IDE, например, PhpStorm очень хорошо разруливает конфликтные ситуации, а когда не может этого сделать — показывает три файла. Какой был, новый, и результат merge-а, таким образом можно сравнить и вручную разрулить конфликты видя обе версии файла.
