Делаете свой репозиторий, ставите из него, обновляете в нем и делаете yum upgrade. Можете попробовать и сборку, и yum upgrade автоматизировать, но тогда я бы рекомендовал еще автоматизировать тестирование сборки.
Ну то есть вообще существует один правильный путь для пакетных дистрибутивов: ставить все и всегда из пакетов. А на сервере только apt upgrade/yum upgrade выполнять.
