Хватит уже пытаться во всём следовать каким-то стандартам )
Интересоваться ими, если они есть, однозначно, стоит. Но слепо следовать каким-либо стандартам только за то что они существуют бессмысленно и часто вредно.
Выкладывайте, вобщем, как удобнее, вы ведь не просто для галочки VCS(Git) используете?
Если это два отдельных проекта общающихся по API, нет никаких проблем выносить их в два разных репозитория. Если работают одни разработчики и изменения идут одновременно и там и там, можно положить в один. Выбор за вами.
