Да собственно это не реально, можно минимизировать.
mvc или hmvc, есть еще 1н способ, но его лучше не использовать.
Если приложение маленькое то mvc лучше всего подойдет, если большое то уже hmvc, но оно станет уже сложнее.
В любом случаи, там где есть php + html, они по любому будут пересекаться.
По мне ответ очевиден.