Есть ли какая-то единая система для электронного документооборота?

Если речь про юридически значимый ЭДО, в т.ч. СФ, то между основными операторами ЭДО есть роуминг, т.е. возможность обмениваться электронными документами с пользователями других операторов. Подробности о возможностях обмена с другими операторами можно найти на сайте каждого оператора.
Я бы отталкивался не столько от оператора своих контрагентов, а от возможностей интеграции с имеющимися у вас информационных систем. В некоторых системах, например 1С, уже встроен ЭДО, зачастую сразу через нескольких операторов.