Если диски по 3 Тб значит оборотов у них не более 7200rpm - может просто не хватать производительности отдельно взятого винта тормозящего весь остальной массив.
Как вариант сделать еще одно хранилище на производительных дисках 10k-15k SAS и переместить туда VM генерящие больше всего iops, но дешево не будет...
