mzabil

for($i=0; $i < count($_FILES['file']['tmp_name']);$i++) {
      if (!empty($_FILES['file']['tmp_name'][$i])){	
        //$uploaddir = '/www/layout/conn3/uploader/';
        $path = $_FILES['file']['name'][$i];
        if (copy($_FILES['file']['tmp_name'][$i], $path)) $picture = $path;		 
       }			
     }

Из этого куска мне не очень понятно куда вы копируете файлы....
И в $path у вас последний загруженный файл. Который вы потом и отправляете.

Я бы написал так:

$files = array();
  for($i=0; $i < count($_FILES['file']['tmp_name']);$i++) {
      if (!empty($_FILES['file']['tmp_name'][$i])){ 
        //$uploaddir = '/www/layout/conn3/uploader/';
        $path = $_FILES['file']['name'][$i];
        if (copy($_FILES['file']['tmp_name'][$i], $path)) array_push($files, $path);         
       }            
  }
  if(empty($files)){
      //отправить без вложений
  }else{
    foreach($files as $f) {
        //что то делать
    }
  }