как делаю я:
каждый файл обрабатывается отдельно (то есть, в gulp.src у меня отправляется глоб-путь)
1. кеширую каждый файл - gulp-cached
2. с помощью gulp-insert добавляю в начало каждого файла строку "@import "+pathToVarsScss+";\n", где pathToVarsScss это файл, в котором собраны все миксины, переменные, что-угодно-еще, которые необходимы для компиляции каждого файла в отдельности
3. собственно, компилирую в css
4. postcss, любая обработка
5. работает gulp-remember, возвращая в поток все то, что убрал оттуда gulp-cached
6. gulp-concat
7. PROFIT!!!
результат: время сборки сокращается в десятки раз
ЗЫ: в начале и конце прикрутите сорсмапы
ЗЗЫ: csso наверняка будет долгим, минифицируйте только на продакшн сборку