конкретно в этой ситуации, нет смысла в этой проверке...
Есть такой метод в jQuery:
toggleClass() - почитай про него
Для того, чтобы event не распространялся дальше по DOM, тебе нужно в колбек прокинуть объект event и сказать ему, мол, не надо дальше (stopPropagation())
Почитай про это по ссылке, что тебе скинули на learn.javascript.ru
$(" .toolbar-top-link-alt-zakaz").click(function (e) {
e.stopPropagation();
$(" .toolbar-top-link-alt-zakaz .CheckOrderBlock-custom").toggleClass("open-order");
});