Почему бд не решает вопрос очередности? Записывается в бд скрипты в очередности запуска. Потом пишите скрипт, который проверяет, если ли записи на выполнение в бд, если есть - берет запись и запускает соответствующий скрипт, выставляя в бд флаг, например, is_executed, в true. И по крону можете каждую минуту запускать этот срипт.