Aptana Studio.
1)Бесплатный - очень
2)Возможность работы сразу по ftp - да
3)Подсветка синтаксиса - да (куча тем, кастомизация)
4)Настраиваемая изначальная кодировка файла - не уверен, вероятно, присутствует
5)Было видно дерево проекта(папки проекта и связанные файлы) - да