MVV

Скорее всего, в этих папках есть открытые файлы. А Windows откладывает удаление папок и файлов до тех пор, пока все файлы закрыты не будут.
Список открытых файлов и процессов, которые их открыли можно посмотреть с помощью утилит от Sysinternals (это уже давно часть MS) Process Explorer или handle.exe(с командной строки), см. например https://serverfault.com/questions/1966/how-do-you-...
Ну, а дальше разбирайтесь, что с этими процессами делать.

Ответ: никак (разве что вы перепишете часть ядра XP, которая работает с томами на диске, а также - загрузчик). Как нам сообщает "Windows and GPT FAQ", диски GPT поддердиваются только в WinXP 64-bit (которая основана на коде Win2K3 Server 64-bit, а не на коде обычной WinXP) и только как диски с данными: ни загрузка с них, ни размещение на них папки WINDOWS не поддерживаются.