Вы можете найти свои варианты лишние в таблице
b_iblock_property_enum в базе данных и удалить их оттуда. Но в этом не будет смысла если при какой-либо следующей выгрузке они прилетят снова.
А если есть товары где выбрано значение которое вы удалите - ещё и поломаться что-то может.
В целом удалить можно через админку - просмотр таблиц
/bitrix/admin/perfmon_table.php?lang=ru&table_name=b_iblock_property_enum
А еще вы можете индекс сортировки у лишних свойств поменять чтобы они внизу списка были и удалять не придется.
