Юрий Мусиенко

Если скрипт, загружаемый синхронно (без async и defer) и находящийся в секции head, динамически добавит другой синхронно загружаемый script в эту же секцию, то всё, что написано во втором скрипте, будет выполнено до отображения всех элементов на странице.

Сделать коллекцию частью другой коллекции стандартными методами не получится. Почему бы просто не добавлять модель в общую коллекцию и в коллекцию в модели?

var Model = Backbone.Model.extend({
    collection: null,
    initialize: function(){
        this.collection = new Collection();
    }
});

var Collection = Backbone.Collection.extend({
    model: Model
});

var collection = new Collection([{}]),
    submodel = new Model({});

collection.add(submodel);
collection.at(0).collection.add(submodel);

console.log(collection.at(1) === collection.at(0).collection.at(0)); // true

jsfiddle.net/bazilio91/rpuT8