Для начала советую вот эту структуру
https://github.com/yiisoft/yii2-app-basic
Модули обычно я создаю для новостей,для блога, для магазина, для страниц и т.д. Это очень удобно и ты можешь их в дальнейшем подключать и на другие сайты.
Советую изучить миграции. С помощью gii я генерирую модели , контроллеры , но потом конечно много чего там меняю под свои нужды.
Компоненты и виджеты я обычно создаю в модулях. Ну и поведения очень мощная вещь. Советую к ним присмотреться и изучить.
И еще одна структура организации проекта от разрабочиков
https://github.com/yiisoft/yii2-app-advan . Очень мощная и гибкая вещь, но мне кажется это для больших проектов в основном предназначена.
Вот еще демо блог
https://github.com/vova07/yii2-start . Там много полезного много почерпнуть.
