1) Фичу 1 оставить в своем репозитории и не лить ее в мастер локально
2) Если для Фичи 2 изменения в Фиче 1 не нужны, просто переходишь в мастер, делаешь гит пулл и делаешь бранч для Фичи 2
2а) Если для Фичи 2 нужны изменения, которые ты сделал в Фиче 1, то после второго шага делаешь gi rebase F1
3) Перед тем как делать мерж реквест и к первой фиче и ко второй делаешь
git fetch && git rebase origin/master таким образом ты в ветку подтянешь накопленные в мастере обновления и решишь конфликты если возникнут
