Вот так еще получилось, только как-то длинно перечислять все папки, что есть на сервере и могут потенциально появится:
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/[^\/]+.php
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/[^\/]+.xls
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/image/
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/imbbank/
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/robots.txt
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/mpanel/
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/js/
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/css/
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/libp/
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/single/
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^en\.auto\.(.*)$
RewriteCond %{QUERY_STRING} !(.*)locale(.*)
RewriteRule ^(.*)$ /?locale=en&%{QUERY_STRING}