Удалить старые точки восстановления с помощью WMI можно так:
wmic shadowcopy delete
Команда интерактивна. Проверил только что, удалил одну из точек.
Создавать точки можно командой:
wmic shadowcopy call create
Но я пока не разобрался как это делать, т.к. не пойму какие параметры подставлять после create
