Если речь о nodejs (если верить тэгам), то надо просто запускать вот так:
ts-node ./index.ts (
ts-node), скомпилированных файлов вы при этом даже не увидите.
Если паче чаяния речь о фронтенде, то сборкой занимается бандлер (чаще всего webpack), опять же промежуточные скомпилированные файлы при этом не видны.
