Дима Барсуков

Из php нельзя вызвать функции JS, тк когда php завершает работу на выходе мы имеем html. Но можно вставить кусок js кода, который выполнится при загрузке страницы, например

echo <<<EOL
$(function(){
  $.fixLinks();
});
EOL;

https://ru.wikipedia.org/wiki/Multipart/form-data
Чтобы лучше понять механизм, просто посмотрите в тело запроса через панель заработки в хроме или файрбаг в фф при отправке пост запроса с файлом.