Alfieros

На сколько мне возможно не изменяет память

<VirtualHost *:80>
    ServerName site.ru
    ServerAlias *.site.ru
    DocumentRoot /var/www/site.ru
</VirtualHost>

Далее в основном каталоге где хранится папка с доменом site.ru, создаете папку поддомена вида site1.site.ru
Но это не точно, попробуйте)

RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} example.com
RewriteRule (.*) http://example.com/_oauth/facebook?close&code=AQBQtx0hhBzJiCSK7EpbesXmFk-P4-GrWSJUDmWSSKC4oDV4nk#_=_/$1 [R=301,L]

Заведомо непонятный ход с 1 винтом, да ещё и не в RAID. Да, SSD улучшит положение дел, и возможно решит данную проблему. Такой конфиг только под домашний веб-сервер можно использовать.
Но на будущее, если сайтов больше 3-5, делайте RAID массив. Это ускорит работу и поможет сохранить данные в случае смерти одного из винтов.