Для маленьких проектов можно в 1 папку всё кидать но тогда ты можешь запутаться в BackEnd и FrontEnd,по этому посоветовал бы отсортировать,не знаю как тебе но у меня лично глаз радуется когда не надо путать где BackEnd а где FrontEnd,если ты ещё работаешь один то можно не запариваться,но группой вы будете иногда путать где что лежит и что к чему,если файлов у вас много то лучше конечно отсортируйте, если файлов мало то страшного в этом ничего нет :)