1 - это просто два контура
2 - это составной контур
3 - это слитые контуры
Полагаю, это у вас составной контур и надо ее разбить для начала. Для этого надо правой кнопкой нажать на объект и выбрать пункт Release Compound Path или SHIFT+CTRL+ALT+8, выровнять как вам надо и нажать Unite в панели Pathfinder. Подробнее
тут
Чтобы объекты получались "стык в стык" пользуйтесь быстрыми направляющими (smart guides) и правильно настройте привязку объектов (snap to), которая тем точнее работает, чем больше зум :)
