Мне, лично, больше нравятся линейные комментарии, их удобнее читать.
Древовидные, нужно ограничивать: одним, максимум двумя уровнями, когда больше - ерунда получается. Да, и еще их намного тяжелее разрабатывать, если, конечно, не использовать готовое решение.