Привет,
Такое у всех случается, так как входя на консоль через PuTTY рождается корень SSH-сессии, и всякие пооцессы в этой сессии будут дочерними, даже те которые в фоне запускаются. При выходе из этой сессии или при закрытии PuTTY в Винде, грохаются и все дочерние.
Поставь screen, как посоветовал
Pavel Denisov и работай в нем, тогда при закрытии PuTTY в Винде или при дэ-аттаче сессии SSH все процессы будут сохранены. Потом просто рэ-аттачишься и работаешь дальше.
