Montana Martz

Действительно, protopie не самый оптимизированный софт. Но проблема может быть и на вашей стороне (вашего пк) и на стороне настройки анимации.
Чтобы выяснить корень проблемы - загрузите макет в шару (кнопка "upload" в правом верхнем углу"

После чего, перейдите по ссылке и проверьте анимацию, вызывающую у вас подозрения. Если "фризы" остались - настройки анимации кривые.

Вероятнее всего, просто какой-то из слоёв мешает запуску триггера "Mouse Over" (то есть, триггер настроен верно, но программа не видит того, что курсор наведён на слой).
Для начала - поставьте галочку для "Make lower layers Touchable" для группы body. Находится данный параметр в правой панели (для слоя, а не для триггера и не для анимации) в самом низу.