git status - увидите все изменённые файлы
Также можно сделать например так:
сделать git stash - и вы "спрячите" все те файлы, которые непосредственно заливались по FTP, и у вас будет последняя актуальная версия в репозитории
Затем можно будет сделать git pull - обновите до самой последней версии из репозитория
Затем git stash apply - восстановите те файлы, которые были спрятаны
Ну и потом смотреть. Если есть конфликты - решать. Если их нет - то просто добавляете в индекс и делаете commit.