1. Как хранят письма внутри у себя провайдеры почты, практически не важно! (если нужно объясню почему).
2. Важно, как письмо пойдет по сети. То есть через все хосты до конечного сервера SMTP.
3. А ходят письма по сети вполне себе нормально зашифрованные.
- Во первых письмо при отправке подписывается и шифруется* по технологии DKIM и если письмо не подписано, то оно скорее всего режекнится сервером назначения. Без подписи режектятся от 80 до 100 процентов писем...
- Далее вам сеанс транспорта, он тоже шифруется, чаще всего по TLS. Если на зоре интернета письма ходили как "Plain text", то есть передавались открытым текстом, без шифрования. Сейчас же 99.(9% SMTP серверов запрещают прием писем открытым текстом, а требуют шифрования.
Так что письма по сети ходят очень даже не плохо защищенные и зашифрованные.
* Эх, говорила мне мама, не пей сыночек, козленочком станешь... (с)
