Если вы что то большое копируете с системного или на системный винт или на винт(ы) где находится ваш $HOME — то вполне логично система станет субъективно помедленнее.
Большой iowait — тоже вполне логичная штука, как правило он тем выше, чем больше extent-ов (читай: чем больше фрагментированы) файлы.
У меня при копировании файлов на отдельном винте, ощутимо система медленнее не становится вообще.
