Перенос контейнера с железного сервера на виртуальный == перенос с железного на железный.
А так, у вас слишком общий вопрос. Смотрите логи, курите маны. Вот то что у вас на физ машине одна версия оси, а в виртуалке другая - вполне может быть корнем проблемы.
И систему виртуализации тут, думаю, ни при чём. Хоть KVM, хоть XEN, хоть Hyper-V - вы работаете не с окружением, а с конкретной осью в виртуальной машине.
