что так делать в случае Git не надо :)
"Создается поддомен на каком-то домене, "
"При этом тестовый поддомен и рабочий домен находятся физически на одном сервере"
То есть создавать в начале какой-то репозиторий конечно же не проблема, и ручками его там прикручивать к очередному тестовому и рабочему домену,