в debian и ubuntu добавили пакет iptables-persistent
который использует iptables-save/iptables-restore
#service iptables-persistent
Usage: /etc/init.d/iptables-persistent {start|restart|reload|force-reload|save|flush}
после настройки правил как нужно, сделать service iptables-persistent save и при следующей загрузке они будут применены